מש''ב מנהל באמצעות האיגוד מערך הדרכה בארץ ובחו''ל במגוון רב של נושאים. ההדרכה מתבצעת באמצעות מרכזי הדרכה מקצועיים, תוך שיתוף פעולה הדוק עם משרדי הממשלה הרלוונטיים בישראל (משרדי החקלאות, חינוך, בריאות, אוצר, תמ''ת, תשתיות ועוד). מומחים מטעם משרדים אלה משתתפים ומופעלים באופן קבוע על ידי מש''ב בכל פעילויות ההדרכה בארץ ובחו''ל. האיגוד מספק את התשתיות הדרושות לביצוע תכניות ההדרכה של מש"ב.
האיגוד מפעיל את שלשת מרכזי ההדרכה המרכזיים של מש''ב בארץ
בנוסף, מסייע האיגוד בקיום פעילות ההדרכה של מש"ב, בשיתוף עם מרכזים חיצוניים בישראל: סינדקו-המרכז לשיתוף והכשרה בינ"ל במשרד החקלאות, מרכז וייץ ללימודי הפיתוח ברחובות, הפקולטה לחקלאות של האוניברסיטה העברית ברחובות, המכון הבינלאומי למנהיגות של ההסתדרות בבית-ברל, המרכז לשיתוף וקידום בירושלים, מכון הערבה ללימודי הסביבה בקיבוץ קטורה, בית חולים רמב"ם-המרכז ללימודי טראומה ורפואת חירום בחיפה, השירות המטאורולוגי בבית דגן ועוד.